Altre proteine agiscono come motori molecolari che permettono il movimento di ciglia e flagelli, propaggini mobili che condividono la stessa struttura in tutti gli organismi eucarioti, sia uni- che pluricellulari. In Figura
è illustrata la struttura di un ciglio, il cui asse longitudinale, detto assonema, è costituito da 9 coppie di microtubuli periferici, formati dalla proteina tubulina, uniti ad una coppia di microtubuli centrali tramite proteine accessorie. Il movimento del ciglio è causato dallo slittamento delle coppie adiacenti di microtubuli periferici le une sulle altre grazie all’intervento di una proteina motrice, la dineina cigliare, in grado di idrolizzare ATP per compiere un cambiamento conformazionale che produce lo spostamento meccanico dei microtubuli adiacenti. La dineina forma coppie di bracci trasversali disposti a distanza regolare lungo i microtubuli periferici in grado di collegare le coppie adiacenti e di generare la forza di spostamento.